Sebagai perwujudan dari komitmen pesantren berbasis keterampilan, maka Pondok Modern Azkiya disesuaikan dengan keadaan sarana yang ada telah membuka muatan pelajaran yang dikemas dalam ekstrakurikuler adalah pendidikan elektro dan komputer dan kepramukaan untuk menumbuhkan kepemimpinan dan kemandirian. Kemudian pada tahap berikutnya akan dikembangkan juga keterampilan perbengkelan, pengembangan perikanan (ikan lele), peternakan (pengembangan budidaya sapi lokal).
Dengan membekali keterampilan sesuai minat dan bakat santri maka diharapkan lulusan pondok modern azkiya akan berdaya guna bukan hanya dakwah sepiritual keagamaan, akan tetapi bisa membawa mesyarakat diamanapun berada kearah perbaikan baik mental spiritual dan sumbangannya bagi perbaikan kehidupan masyarakat dengan perbaikan yang dimiliki.
Pada penerimaan murid baru tahun ajaran 2013/2014, pondok modern azkiya, akan berketatapan mengikutsertakan pendidikan ekstra kurikuler untuk keterampilan pada bidang elektro, computer dan perikanan.
Sejalan dengan konsep pendidikan modern adalah pengubahan perilaku (behavior) yang lebih cerdas, baik cerdas spiritual (keihlasan, kejujuran), cerdas cerdas secara intelektual dan cerdas dalam berkarya untuk mewujudkan masyarakat islam agar kaya dan bermartabat.
Islam adalah sangat besar di Indonesia dan dunia namun besarnya jumlah tidak mencerminkan besarnya Islam dengan pendalaman ajaran yang sebenarnya. Pendidikan dalam Islam sejatinya adalah pendidikan modern bukan westernisasi. Karena Islam secara konsep yang diwahyukan Allah kepada Nabi besar Muhammad Saw sebagai nabi terakhir adalah penyempurna dengan Wahyu Alquran dengan konsep Allah yang sudah modern.
Sejalan dengan konsep wahyu Allah ini maka pondok modern azkiya akan menerapkan berbagai keterampilan dan pendalaman ilmu agama Islam secara kaffah.